יד יצחק בן־צבי מעניקה בכל שנה לסירוגין פרס, האחד בתולדות ארץ ישראל והשני בתולדות יהדות המזרח, כדי להנציח את זכרו של הנשיא יצחק בן־צבי ז”ל.
הפרסים יוענקו לחוקרים העוסקים במחקריהם בנושאים שהתעניין וחקר בהם יצחק בן־צבי:
א. ארץ ישראל
- תולדות ירושלים
- ארץ ישראל ויישובה
- תולדות תנועת העבודה העברית בארץ ישראל
- השומרונים: תולדותיהם, דתם וספרותם
ב. חקר קהילות ישראל במזרח וקהילות ספרד ופזורתן
סכום הפרס ייקבע על ידי הוועד המנהל של יד יצחק בן־צבי, והפרס יוענק בהמלצת ועדות שופטים ובאישור הוועד המנהל של יד יצחק בן־צבי, עבור מחקר שחובר על ידי מחבר אחד או שניים. הענקת הפרס תיעשה בטקס פומבי רשמי שייערך בסמיכות ליום הזיכרון לנשיא יצחק בן־צבי ז”ל, החל בכ”ט בניסן.