אחת לחמש שנים אפשר יהיה להחליט על פרס נוסף למפעל חיים.הצעה לפרס על מפעל חיים תלווה בהמלצות מפורטות ומנומקות מאת שני חוקרים מרכזיים בתחום שבו עוסק המועמד.
סכום הפרס ייקבע על ידי הוועד המנהל של יד יצחק בן־צבי, והפרס יוענק בהמלצת ועדות שופטים ובאישור הוועד המנהל של יד יצחק בן־צבי. הענקת הפרס תיעשה בטקס פומבי רשמי שייערך בסמיכות ליום הזיכרון לנשיא יצחק בן־צבי ז”ל, החל בכ”ט בניסן.